המאה ה-19
הביטחון שב על כנו וחוסלו כנופיות שודדים. למרות כל אלה פרץ בשנת 1834 "מרד הפלאחים" בישראל. היתה זו התקוממות כנגד המסים הכבדים וגיוס החובה לצבא. יהודי צפת נפגעו קשות מהפלאחים המורדים בגליל, בנפש וברכוש רב. בית הדפוס העברי של ישראל ב"ק, שהוקם שלוש שנים קודם לכן, נהרס ובעליו נפצע. המרד דוכא בעזרת הדרוזים והשלטון המצרי שב והתבסס בארץ ישראל.
בינואר 1837 פקד את צפת אסון טבע נורא – הרעש הגדול. רעידת אדמה קשה זעזעה את הארץ מביירות ועד ירושלים. קשה מכולם נפגעה צפת. העיר על בתי הכנסת שבה ובתיה הבנויים בצפיפות בצלע ההר, הפכה לגל הריסות. גם חלקה הבנוי של המצודה קרס. כ-2000 יהודים מצאו את מותם ברעש ונקברו בקבר אחים. ניצולי "כולל הפרושים" נטשו את צפת ועברו לירושלים. החסידים נאחזו בה בהנהגת רבם, האדמו"ר מאוורוץ', אשר ארגן את מלאכת ההצלה.
שנה מאוחר יותר, עוד בטרם החל שיקומה של העיר, פשטו שבטי דרוזים, שמרדו בשלטון המצרי ובזזו את היהודים המוכים. היהודים קיבלו פיצוי לאחר דיכוי המרד על-ידי השלטונות המצריים, אך צפת נותרה פגועה וכואבת. בכספי התרומות שוקמו בתי הכנסת החשובים שבה ונבנו מעט בתים מתוך ההריסות.
שנת ת"ר – 1840, הגיעה. מוחמד-עלי ניגף בפני התורכים שחוזקו על-ידי הבריטים ומעצמות נוספות. ארץ ישראל היתה שוב בידי השלטון העות'מאני, אך עתה התעניינו בה גם מעצמות המערב, עובדה שהשפיעה מאוד על יחס התורכים ליהודים. יהודי צפת חידשו את המסחר והתחדשו גם גלי העלייה. לקראת סוף המאה הגיע מספר היהודים לכדי 6,000 נפש – כמחצית מהמספר הכולל של תושבי העיר. כשני שלישים מתושביה היהודיים של צפת היו אשכנזים.
פני הקהילה היהודית בצפת משתנים שוב בעקבות גלי העלייה הציונית. נוספו אליה יהודים מפרס, מרוקו, אלג'יר, טריפולי ותורכיה, ואף חסידים מחצרות שונות. רבו החיכוכים הפנימיים בענייני החלוקה והחינוך. היתה זו תקופה של התעוררות ותסיסה. מוסדות חינוך ברוח חדשה קמו בעיר למרות התנגדות השמרנים והחל ויכוח נוקב בעניין כספי החלוקה. מנהיג המתנגדים לחלוקה היה נכדו של ר' ישראל ב"ק – אלעזר רוקח. הוא ייסד את "חברת יישוב ארץ-ישראל על-ידי עבודות אדמה" והניח את המסד להקמת המושבות הראשונות. בשנת 1878 הקימו יהודי צפת את גיא-אוני (שיישובה חודש ב-1882 ונקראה ראש-פינה). בצפת הוצת מאבק חריף ואלים בין היישוב הישן והשמרני ובין המחדשים, שקראו לשינוי וחיי יצרנות. חרף זאת יצאו מצפת מתיישבים נוספים. הם היו שותפים להקמת יסוד-המעלה, משמר-הירדן, בני-יהודה, מחניים וניסיון ההתיישבות במירון. צפת נעשית מרכז ליישובים אלה ונשמרת הזיקה בין תושביה ועובדי האדמה במושבות.
